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Le Serein, affluent de l'Yonne long de 188 km, prend sa source à Beurey-Bauguay en Côte-d'Or et se jette dans l'Yonne à Bonnard. Son régime pluvial océanique se caractérise par des hautes eaux hivernales et des basses eaux estivales, avec un débit moyen annuel d'environ 8 m³/s à L'Isle-sur-Serein. Le niveau du Serein peut varier considérablement, notamment lors d'épisodes de crues, comme en janvier 2018 où le niveau a atteint 2,76 mètres à Chablis, causant des dégâts importants aux habitations et infrastructures. Une autre crue majeure en mai 2013 a provoqué des débordements significatifs et endommagé les cultures de la vallée. Le Serein a subi de lourds travaux d'aménagements hydrauliques au fil des siècles, intensifiés ces cinquante dernières années, incluant surcalibrage, rescindement de méandres, curage, et extraction massive de matériaux. Plusieurs ouvrages hydrauliques jalonnent son cours, comme le seuil du moulin de Guillon et divers barrages, dont certains font l'objet de projets de dérasement pour favoriser la continuité écologique. Ces aménagements, bien que modestes, participent à la gestion des eaux du Serein et à la protection contre les inondations, tout en soulevant des questions sur leur impact écologique et la nécessité de restaurer la dynamique naturelle du cours d'eau.