Version Bêta
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La Margerie prend sa source dans la commune de Treize-Septiers en Loire-Atlantique. Elle se dirige d'abord vers l'est en traversant Saint-Hilaire-de-Clisson, puis vers le sud-est en longeant la frontière avec la Vendée. Après avoir traversé Gorges, elle conflue avec la Sèvre Nantaise, après un parcours de 13 kilomètres. Elle ne possède aucun affluent notable. Son bassin versant, qui couvre une superficie relativement petite, est principalement situé en Loire-Atlantique, avec une petite partie en Vendée.